В 1984 г. на базе Центрального специализированного конструкторского бюро (ЦСКБ) был создан филиал кафедры. Филиал обеспечивает тесную связь кафедры с предприятием, целевую подготовку и переподготовку специалистов, привлечение ведущих специалистов предприятия к чтению курсов лекций, руководству дипломным проектированием и участию в работе ГЭК; подготовку научных кадров через аспирантуру из числа молодых специалистов предприятия.

Заключен договор о сотрудничестве между Самарским университетом и АО «РКЦ «Прогресс», в рамках которого кафедра будет продолжать вести подготовку специалистов с использованием производственной базы центра, готовить научные кадры через аспирантуру, выполнять совместные научно-исследовательские проекты, проводить производственную практику студентов на космодроме «Байконур».

В 1985 г. при кафедре летательных аппаратов была организована отраслевая научно-исследовательская лаборатория (ОНИЛ-17) на площадке Чапаевского опытного завода измерительных приборов (ЧОЗИП) (г. Чапаевск). На базе ЧОЗИП совместными усилиями коллективов ЦСКБ, кафедры и лаборатории была создана уникальная экспериментальная база, позволяющая моделировать воздействие на космические аппараты факторов внешней среды (тепловое воздействие, глубокое охлаждение, вакуум, метеорно–техногенное воздействие).

С 1988 г. конструкторская практика для студентов старших курсов проходит на базе эксплуатирующей организации – космодром «Байконур».

В 2003 г. на базе научно-исследовательской лаборатории (ОНИЛ-17) и научно-исследовательской группы (НИГ) дискретной механики при кафедре был создан НИИ Системного проектирования (НИИ-205).

В 2006 г. в целях повышения эффективности научно-исследовательской работы аспирантов и студентов решением ученого совета университета при кафедре был создан Молодежный научно-инновационный центр (МНИЦ). Цель создания центра - повышение эффективности проектно-конструкторской деятельности в части сокращения времени и ресурсов на разработку и проектирование перспективных образцов ракетно-космической техники, а также внедрения в производство новейших конструкторских разработок, технологий и решений, путем привлечения молодой талантливой активной молодежи, способной творчески мыслить и принимать нестандартные решения.

В 2009 г. в целях координации научных исследований и образовательной деятельности при кафедре организован научно-образовательный центр (НОЦ) «Проектирование малых космических аппаратов научного и многофункционального назначения».

Одновременно, приказом по АО «РКЦ «Прогресс» создан научно-образовательный центр «Проектирование ракетно-космических систем». Активное взаимодействие специалистов этих двух НОЦ привело к положительным результатам, что привело к разработке проектов космических аппаратов серии «АИСТ» и большому объёму выполненных совместно научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ. Разработанные обоими НОЦ программы образовательных дисциплин успешно внедрены в учебный процесс.

В 2013 году при кафедре космического машиностроения в составе научно-исследовательской части (НИЧ) Университета был создан НИИ Космического машиностроения (НИИ-219).

Цель создания – повышение эффективности выполняемых научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, обеспечение устойчивого их финансирования по линии хоздоговоров и участия в госбюджетных программах Минобрнауки РФ, повышение качества подготовки аспирантов и студентов по специальностям кафедры космического машиностроения Университета. Объёмы хоздоговорных научно-исследовательских работ, выполненных в рамках НИИ-219 в 2014 - 2018 гг., составили от 40 до 60 млн. рублей в год.

Также в 2013 году АО «РКЦ «Прогресс» совместно с Самарским государственным аэрокосмическим университетом были разработаны и запущены два малых космических аппарата научно-образовательного назначения «АИСТ» (лётный и опытный образцы), в создании которых принимали участие студенты, магистранты и аспиранты кафедры космического машиностроения.

В период с 2013 по 2015 г. на базе экспериментально-исследовательского корпуса ЭИК-3 АО «РКЦ «Прогресс», расположенного на территории кампуса Самарского университета в рамках договора между АО «РКЦ «Прогресс» и Самарским университетом был создан Производственно-испытательный комплекс (ПИК) малых космических аппаратов. Он предназначен для высокотехнологичного производства малых космических аппаратов научного и прикладного назначения с различными типами целевой аппаратуры.

С августа 2015 г. функции управления и эксплуатации группировкой малых космических аппаратов семейства «АИСТ» переданы базовым предприятием АО «РКЦ «Прогресс» университету, для чего здесь был создан Центр приёма и обработки информации от группировки МКА «АИСТ». Сотрудники Центра – молодые учёные, магистранты и аспиранты кафедры космического машиностроения. В Центре на базе реальных данных телеметрической информации, получаемых со спутников, проводится целый комплекс исследований, в том числе по исследованию микрометеоритных частиц, магнитного поля Земли, а также исследований в области живучести космической техники.

28 апреля 2016 г. запущен малый космический аппарат «АИСТ-2Д», разработанный АО «РКЦ «Прогресс» в кооперации с ФГАОУ ВО «Самарский национальный исследовательский университет имени академика С.П. Королева». Спутник был выведен ракетой-носителем «Союз-2» этапа 1А в рамках первой пусковой кампании с космодрома «Восточный».

Центр приёма и обработки информации представляет собой наземный сегмент уникальной лаборатории, космический сегмент которой находится на орбите с 2013 года и состоит в настоящий момент из трёх аппаратов серии «АИСТ».

В 2021 г. сотрудники кафедры космического машиностроения (член-корреспондент РАН, д.т.н., заместитель генерального конструктора по испытаниям АО «РКЦ «Прогресс», профессор Аншаков Геннадий Петрович; д.т.н., профессор, заведующий кафедрой космического машиностроения Салмин Вадим Викторович; к.т.н., доцент, исполнительный директор института авиационной и ракетно-космической техники Ткаченко Иван Сергеевич) удостоены Премии Правительства Российской Федерации имени Ю. А. Гагарина в области космической деятельности за создание научно-образовательного практико-ориентированного комплекса междисциплинарных учебных программ и лабораторно-испытательных установок для подготовки специалистов по сквозным технологиям космического дистанционного зондирования Земли.